Я думаю, что проблема в этом:
Цитата: ...Налогоплательщики единого налогавправе перейти на иной режимналогообложения, предусмотренный настоящим Кодексом,со следующего календарного года, если иное не установлено настоящей главой....Снятие с учета налогоплательщика единого налога при прекращении им предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, переходе на иной режим налогообложения, в том числе по основаниям, установленным подпунктами 1 и 2 пункта 2.2 статьи 346.26 настоящего Кодекса, осуществляется на основаниизаявления, представленного в налоговый органв течение пяти днейсо дня прекращения предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом, илисо дня перехода на иной режим налогообложенияили с последнего дня месяца налогового периода, в котором допущены нарушения требований, установленных подпунктами 1 и 2 пункта 2.2 статьи 346.26 настоящего Кодекса. Датой снятия с учета налогоплательщика единого налога в указанных случаях, если иное не установлено настоящим пунктом, считается указанная в заявлении дата прекращения предпринимательской деятельности, подлежащей налогообложению единым налогом, или дата перехода на иной режим налогообложения, или дата начала налогового периода, с которого налогоплательщик обязан перейти на общий режим налогообложения по основаниям, установленным пунктом 2.3 статьи 346.26 настоящего Кодекса, соответственно....При нарушении срокапредставления налогоплательщиком единого налога заявления о снятии его с учета в связи с прекращением предпринимательской деятельности, облагаемой единым налогом,снятие с учетаэтого налогоплательщика и направление ему уведомления о снятии его с учета в качестве налогоплательщика единого налогаосуществляются не ранее последнего дня месяца, в котором представлено указанное заявление. Датой снятия с учета в данном случае является последний день месяца, в котором представлено заявление о снятии с учета.
И в этом случае уже нет оснований говорить, что вы перешли с ЕНВД на УСН с начала календарного года - так, как было указано в заявлении.
А если причиной подачи заявления ЕНВД-4 было прекращение деятельности на ЕНВД, то и в заявлении следовало указывать иной код - "1". И вот тогда ИП действительно могли бы перевести на УСН с первого числа месяца, в котором прекращена деятельность на ЕНВД (п. 2 ст. 346.13 НК РФ).